Mercator akzeptierte aber nicht alle Lehren der Antike. Im Text erklärte er auch, welche er ablehnt und warum. Ferner gab er zu, dass er bestimmte Dinge, wie die Gesetze von Ebbe und Flut oder die Gesetze der Meeresströmungen nicht erklären könne. Er war aber überzeugt, dass künftigen Forschern dies gelingen würde, wenn sie seine kosmographischen Gedanken aufnehmen und weiterführen.
In den heutigen Wissenschaften gilt eine Theorie so lange als wahr, bis eine neue (und geprüfte) Information auftaucht, die ihr widerspricht. Daraufhin muss die Theorie an die neue Informationslage angepasst werden. Mercator hingegen hielt Theorien, auch Karten, dann für besonders verlässlich, wenn sie lange unverändert geblieben sind, sich also über die Jahre bewährt haben. Daher kam es vor, dass er neue Erkenntnisse als fehlerhaft abtat, wenn sie einer bewährten Theorie oder einem bewährten Modell widersprachen.
Außerdem beging Mercator bei seinen kosmographischen Gedanken einen methodischen Fehler, den man in den Wissenschaften als „confirmation bias“ oder „Bestätigungstendenz“ bezeichnet. Dieser Fehler tritt dann auf, wenn man für die Begründung einer Behauptung, die man vertritt, nur Beispiele sucht, die die These stützen und alle Beispiele, die der These widersprechen, außer Acht lässt.
In Kapitel 13 schreibt Mercator zum Beispiel: „Da Gottes Weisheit nichts vergebens und ohne Grund geschaffen hat, was nicht zu irgendeiner Lebensnotwendigkeit nützlich wäre, gibt es unzweifelhaft keine Krankheit, keine Unzulänglichkeit der Natur, für die er nicht im Voraus ein Heilmittel besorgt hätte.“ Er nimmt sogar an, dass Gott zu jedem Leiden das passende Heilkraut absichtlich in der Nähe der Leidenden wachsen lasse. Daraufhin führt er eine Reihe von Heilkräutern auf, die Menschen und sogar Tiere in ihrer Umgebung finden und zu sich nehmen, um bestimmte Leiden zu lindern. Dass es zu seiner Zeit viele unheilbare Krankheiten und Leiden gab und Medikamente aufwendig hergestellt und über weite Strecken transportiert wurden, verschweigt er jedoch.
Der wohl grundlegendste Unterschied zwischen Mercators Weltbild und unserem heutigen Weltbild ist der Faktor der Zeit. Mercator ging, wie alle seine Zeitgenossen, davon aus, dass die Welt sich seit ihrer Schöpfung nicht mehr verändert habe, bzw. dass sie „fertig“ sei. Erst spätere Entdeckungen haben gezeigt, dass da wo heute Wüsten oder Berge sind, früher einmal Meere gewesen sein mussten. So kann man z.B. Fossilien von Meerestieren im Gebirge finden. Dass es eine ebensolche sehr langsame Veränderung auch unter den Lebewesen gibt, nämlich die Evolution, erkannten Wissenschaftler noch später.